Черноморский центр подводных исследований создан распоряжением Совета министров Республики Крым от 9 октября 2012 года № 739-р. Центр является на сегодня единственным государственным профильным узкоспециализированным учреждением России в сфере изучения и охраны подводного культурного наследия. Центр является подведомственным учреждением Государственного комитета по охране культурного наследия Республики Крым.

Деятельность Центра направлена на осуществление фундаментальных и прикладных исследований подводного культурного наследия, ведение учёта и мониторинга подводных объектов, осуществление спасательных подводно-археологических раскопок памятников, осуществление научной экспертизы, выявление и паспортизацию объектов подводного культурного наследия.

В составе Центра функционируют филиалы в Феодосии, Ялте и Черноморском.

Реставрационно-выставочный центр (музей) подводной археологии на Даче Стамболи в Феодосии был открыт 10 июня 2013 г. В цокольном этаже филиала расположилась современная реставрационная лаборатория для предметов, поднятых из воды.

В парадных гостевых залах первого этажа открыта выставка «Дача Стамболи: 100 лет истории одного особняка». Выставка «Подводная археология Черного моря», расположившаяся на втором этаже особняка, посвящена достижениям отечественной подводной археологии.

Фондовая коллекция центра, начавшаяся формироваться в 2012 г., на сегодняшний день насчитывает более тысячи единиц хранения, среди которых многие являются уникальными в своем роде.

В Ялте располагается отдел глубоководных исследований, а в Черноморском базируется отдел технического обеспечения и флотилия. На балансе учреждения находится два современных плавсредства, позволяющих автономно выполнять весь спектр подводных исследований.

Ежегодно центром проводится несколько крупных подводных экспедиций. Особое место занимают планомерные исследования затопленного городища Акра в Керченском проливе, позволившие в последние годы пополнить золотую кладовую Восточно-Крымского музея-заповедника. Помимо античных городов, активно исследуются и кораблекрушения нового времени. За последние годы изучены кораблекрушения пароходов «Генерал Коцебу», отвозившего правительственную делегацию России на открытие Суэцкого канала в 1869 г., и «Веста» - героя русско-турецкой войны 1877-1878 гг. Особое внимание Центр уделяет изучению объектов, затонувших в период Великой Отечественной войны. Центром было выявлено место гибели подводной лодки Щ-216, затонувшей в 1944 г.