Основные направления научной деятельности института:

Проведение фундаментальных и прикладных научных исследований по вопросам детской курортологии, медицинской реабилитации и физиотерапии;

Изучение механизмов лечебного действия природных и преформированных физических факторов, разработка эффективных методов их комбинированного и сочетанного использования в медицинской реабилитации на санаторно-курортном этапе у детей с различными заболеваниями;

Исследование проблемы адаптации и реадаптации детей, прибывающих на отдых, оздоровление, санаторно-курортное лечение и медицинскую реабилитацию из разных климатических регионов страны;

Разработка основ научной организации деятельности санаторно-курортных и других лечебно-профилактических учреждений по проблеме восстановительного лечения и медицинской реабилитации детей с различными заболеваниями в условиях курорта;

Участие в разработке и проведении клинических исследований новых бальнеотерапевтических, физиотерапевтических методик и аппаратуры для медицинской реабилитации и физической терапии;

Внедрение результатов научно-исследовательских работ в области детской курортологии и физической терапии в практику лечебно-профилактических учреждений на курортном и амбулаторном этапах.