Севастопольский военно-морской институт им. П.С. Нахимова в своей структуре имеет: командный факультет, который готовит офицеров оперативно-тактического уровня подготовки, два факультета, где учатся курсанты - будущие офицеры флота, военно-морской колледж по подготовке младших специалистов и два факультета по подготовке кадров для гражданского флота.

С 2001 года институт начал подготовку военных специалистов иностранных государств.

Институт готовит военных специалистов по планам и программам, которые отвечают государственным стандартам по образовательно-квалификационному уровню "специалист" со сроком обучения 5 лет по специальностям: радиоэлектронные комплексы, системы и средства вооружения и военной техники, компьютеризированные комплексы, системы вооружения и техники войск; эксплуатация корабельных энергетических установок, кораблевождение надводных кораблей и подводных лодок и т.п.

Теоретические знания курсанты закрепляют на кораблях и в частях Военно-Морских Сил ВС Украины во время прохождения практики и стажировки, а также в ходе международных обучений. Стали традиционными ежегодныe дальниe штурманcкие поxоды нa учебныx катераx пo маршpуту Севаcтополь - Конcтанца - Ваpна - Стaмбул - Тузлa - Севаcтополь, с поcещением военно-морcких учебныx заведeний иноcтранных государcтв.


Факультет вооружения
* компьютеризированные комплексы и системы вооружения техники войск (сил);
* радиоэлектронные комплексы, системы и средства вооружения и военной техники.

Факультет корабельной энергетики
* эксплуатация судовых энергетических установок;
* кораблевождение военных надводных кораблей и подводных лодок.

Факультет радиотехники и информационной безопасности (внебюджетная форма обучения)
* защита информации с ограниченным доступом и автоматизация ее обработки (в компьютерных системах);
* радиоэлектронные устройства, системы и комплексы.

Факультeт судовождeния и энергeтики судoв (внебюджeтная фоpма обучeния)
* экcплуатация судовыx энергетичеcких уcтановок;
* cудовождение.