Керченский музей древностей — один из старейших музеев в Крыму. Основу музейного собрания в то время составила личная коллекция Поля Дюбрюкса (1774—1835) - родоначальника керченской археологии, основанная в 1810 году. 2(14) июня 1826 года музей Дюбрюкса открыт официально И. П. Бларамбергом, первым директором, как Керченский музей древностей.

Музей производил обследование, описание и раскопки древних городищ и некрополей, но после открытия склепа кургана Куль-Оба в 1830 г. был сориентирован на раскопки курганов (цель — добыча художественных изделий для Эрмитажа). Формируется архив и библиотека. В 1850 году предметы из первоначальной коллекции Керченского музея перемещены в Императорский Эрмитаж в связи с постройкой здания Нового Эрмитажа. С началом деятельности археолога А. Е. Люценко (1853 г.) эти работы приобретают научное значение. В 1835 г. по проекту одесского архитектора Георгия Ивановича Торичелли на горе Митридат было построено здание музея, в виде афинского храма Гефестиона, прежде считавшегося посвящённым Тезею.

Во время Крымской войны (1853—1856) здание музея было разрушено, экспозиция разграблена, наиболее ценные экспонаты вывезены в Англию. Основная часть керченских экспонатов того времени ныне хранится в Британском музее. Раскопки в Керчи и на Таманском полуострове вёл С.И. Веребрюсов.

В 1922 году Керченский ревком выделил под музей особняк П. Месаксуди по улице Свердлова, 16.

В 1931 году примыкающее к музею здание Александро-Невской церкви было передано Антирелигиозному музею, упразднённому в 1936 г., после чего здание передано Керченскому музею. В 1941—1944 году здание церкви было повреждено на 60 процентов, и восстановлено только к 1955 году с увеличением высоты здания на 1,2 м. В 1991—1993 годах Керченским историко-культурным заповедником проведена реставрация здания с восстановлением церковного облика в экстерьере. В готовом виде здание церкви по требованию УПЦ было передано решением Керченского исполкома УПЦ Московского патриархата без эквивалентной компенсации, что привело к потере 64 процентов экспозиционной площади музея.

В фондах музея хранится более 240 тысяч музейных предметов. В археологической коллекции музея: терракоты, расписная керамика, амфоры, античное стекло, монеты, а также ценные исторические реликвии. Лапидарий - уникальное собрание каменных памятников мирового значения (период с IV в. до н. э. по XIV в. н. э.): античные и христианские надгробные стелы, скульптуры, памятники эпиграфики, архитектурные детали, плиты с тамговыми знаками. Стационарная экспозиция размещена в семи залах, посвящённых истории Боспорского государства от античности до средневековья.

В структуре находится Научная библиотека Керченского музея, архив и реставрационные мастерские.

Созданы экспозиция по истории обороны Аджимушкайских каменоломен в мае — октябре 1942 года и музей Керченско-Эльтигенской десантной операции.