Cтруктуру органов прокуратуры города Севастополя составляют аппарат прокуратуры города Севастополя, 4 районные прокуратуры и одна специализированная.

В соответствии с Федеральным законом "О прокуратуре Российской Федерации" (далее Закон), в структуру аппарата прокуратуры города Севастополя, как субъекта Российской Федерации входят:

- прокурор;
- первый заместитель прокурора;
- заместители прокурора;
- старшие помощники прокурора города по направлениям деятельности;
- помощники прокурора города по направлениям деятельности;
- управления прокуратуры города;
- отеделы на правах управлений;
- отделы в составе управлений;
- старшие прокуроры и прокуроры в составе управлений и отделов.

В подченинии аппарата находятся прокуратуры Ленинского, Гагаринского, Нахимовского и Балаклавского районов, а также Севастопольская межрайонная природоохранная прокуратура.
В состав прокуратуры района входят:

- прокурор;
- заместители прокурора;
- старшие помощники прокурора;
- помощники прокурора.

Согласно статье 4 Закона прокуратура Российской Федерации составляет единую федеральную централизованную систему органов и учреждений и действует на основе подчинения нижестоящих прокуроров вышестоящим и Генеральному прокурору Российской Федерации.