В настоящее время подразделения фельдъегерской службы расположены во всех областных, краевых и республиканских центрах России, а также в ряде крупных городов, имеющих важное экономическое значение. В единую систему органов федеральной фельдъегерской связи входят подразделения центрального аппарата, территориальные органы и подведомственные ГФС России организации.

Органами федеральной фельдъегерской связи осуществляется доставка корреспонденции по 112 постоянно действующим маршрутам: 60 авиационным, 36 железнодорожным и 16 автомобильным. Ежесуточно в самолетах и поездах находится около 300 сотрудников федеральной фельдъегерской связи. Помимо этого, регулярно осуществляются встречи и проводы сотрудников Межправительственной фельдъегерской связи, прибывающих в Москву по 12 межгосударственным маршрутам.