Крепость была построена в период с 1699 по 1706 год. Руководил строительством принявший ислам итальянец по имени Голоппо. Также в работах принимали участие несколько французских инженеров.

Еникале имела для Османской империи важное стратегическое значение — крепость, расположенная в самой узкой части Керченского пролива и вооружённая мощными пушками, препятствовала проходу российских кораблей между Азовским и Чёрным морями.

Еникале занимала территорию площадью около 2,5 га. Крепость имела в плане форму неправильного пятиугольника и, следуя крутому рельефу, была расположена на нескольких уровнях. По углам находились пять полубастионов, способных выдержать длительную осаду и мощный артиллерийский огонь. Некоторые из них были далеко выдвинуты за периметр стен. Таким образом, значительно увеличивалась площадь поражения противника и появлялась возможность флангового обстрела территории, примыкающей к стенам. Дополнительным ярусом обороны служил ров, окружавший крепость с трёх сторон, за исключением прибрежной стороны.

На территории Еникале находились: два пороховых склада, арсенал, жилые дома, водяной резервуар, баня, мечеть. Около 800 османских и 300 крымскотатарских солдат составляли гарнизон крепости. Еникале служила резиденцией турецкого паши.

Серьёзной проблемой был недостаток пресной воды — единственный колодец в крепости не мог обеспечить водой всё её население. Поэтому, для подачи воды строители проложили керамический подземный водопровод, соединявший Еникале с источником, расположенным в нескольких километрах от крепости (территория современного поселка Глазовка (Баксы)).