В 1931 году был открыт Крымский мединститут. Этот же год считается и годом основания музея анатомии. Он был основан на базе кафедры нормальной анатомии. Его первооткрывателем считается Роман Гельвиг, ученый, профессор анатомии, который был руководителем Таврического университета и деканом медфакультета.

Одна из экспозиций музея посвящена образцам различных пороков развития и уродств. Например, здесь есть поросенок с двумя рылами и циклопическим глазом.

Музей знаменит своей огромной анатомической коллекцией. Эта знаменитая «кунсткамера» Крыма содержит в своем составе 1200 препаратов. Только экземпляров препарированного головного мозга в этой экспозиции — более 100. Здесь находятся три мумии, которые были мумифицированы специалистами кафедры медицинского университета.