В начале 1992 года реставрацией дома начала заниматься Укрпроектреставрация: были восстановлены стены, крыша, внутреннее оформление в стиле XIX века. По окончании ремонта в комнатах расположились реставрационные мастерские, сотрудники которых занимались разработкой проектов восстановления других памятников архитектуры.

1997 год стал переломным в истории дома Воронцовых, к нему опять (как в XIX веке) вернулся статус неофициального центра научных знаний: созданный в этом году Крымский научный центр Национальной академии наук Украины и Министерства образования и науки Украины юридически был зарегистрирован по этому адресу.

После воссоединения Крыма с Россией в 2014 году Крымский научный центр в качестве структурного подразделения вошел в состав Крымского федерального университета имени В. И. Вернадского и с 2015 года был преобразован в Научно-образовательный центр ноосферологии и устойчивого ноосферного развития.