Первыми экспонатами в фондах музея стали отобранные картины на проходившей впервые после депортации, Всесоюзной выставке крымскотатарских художников, в Крымском Доме художника в Симферополе. Выставка была организована Координационным центром по возрождению крымскотатарской культуры и Крымской организацией Союза художников Украины и проходила в марте - апреле 1990 г

В последующие годы собрание музея пополнялось произведениями живописи, графики, скульптуры и предметами декоративно-прикладного искусства довоенных и современных крымскотатарских художников Мемета Абселямова, Амета Устаева, Сеитхалила Османова, Энвера Изетова, Айдера Алиева, Рамазана Усеинова, Мамута Чурлу, Рамиза Нетовкина, Изета Аблаева, Заремы Трасиновой, Рустема Эминова, Нури Якубова, Али Билялова, Исмета Велиуллаева, Исмета Шейх-Заде, Алима Усеинова, Халила Мемедляева, Амета Сейт-Аметова, Сеитмемета Якубова, Асана Сейдаметова и др.

Основой собрания декоративно-прикладного искусства стали вышивка, ткачество, ювелирные изделия из коллекций Аблямита Умерова и Хатидже Добра, Зоре Пачемировой, Кемаля Мусурета, Шефика Консул, Певата Зети и др. Эти уникальные предметы культуры и быта крымских татар, повторив судьбу своих владельцев, оказались вдали от родины, в местах депортации, в диаспорах, а после возвращения на историческую родину были переданы музею.

Сегодня фонды музея насчитывают около 10 тысяч единиц хранения, в числе которых произведения изобразительного искусства 20-21 вв., ценные коллекции декоративно-прикладного искусства 18-20 вв., исторический материал, раскрывающий позднесредневековый период Крыма, редкие открытки, религиозные книги, археологическая и этнографическая коллекции, фотографии и документы, рассказывающие деятельность довоенного и современного национального театра,фольклорных коллективов, материалы о депортации и истории крымскотатарского национального движения.