Инкерманский пещерный монастырь святого Климента относится к памятникам архитектуры VIII-IX веков. Его появление связывают с культом римского епископа св. Климента, сосланного в каменоломни у Херсонеса за проповедование христианства. Основан возле крепости Каламита (Инкерман) монахами-иконопочитателями, бежавшими от преследования из Византии. В 1475 году турки захватили крепость и мужской монастырь пришел в упадок, однако был возрожден в 1850 году уже после перехода Крымского полуострова под власть Российской империи.

В 1867 году были произведены ремонтно- восстановительные в пещерном храме св. Мартина исповедника, в результате чего сильно изменилась планировка помещения. В 1895 году в память о спасении царской семьи в железнодорожной катастрофе рядом был отстроен храм св.великомученика Пантелеимона.

После прихода в Крым советской власти храмы монастыря постепенно начали закрываться, а затем и все имущество монастыря передали Севастопольскому музейному объединению.

Возрождение мужского монастыря, а также восстановление келий и храмов началось в 1991 году.

Пещерный мужской монастырь представляет собой уникальное сооружение с оригинальной планировкой, множественными помещениями, снаружи обозначенными арочными окнами, объединенными треугольными тимпанами. Свет проникает в помещения через окна и балконные двери коридора.

Центральный храм монастыря – храм св. Климента выполнен в форме базилики, разделенной на три нефа с полукруглыми сводами и алтарной апсидой. В глубине апсиды вырублен, двухступенчатый синтрон, в центре которого размещается престол, за престолом — ниша для иконы. Конху апсиды украшает высеченный рельефно процветший равноконечный крест в круге. Ярусом выше храмов (св. Климента, св. апостола Андрея Первозванного и св. Мартина) расположены два небольших балкончика, оборудованные под колокольню.